Микрокосм. E. coli и новая наука о жизни - Карл Циммер Страница 11

Существует и другая причина, по которой E. coli должна уделять своей ДНК особое внимание: эта молекула очень уязвима. Когда бактерия превращает пищу в энергию, среди отходов встречаются и заряженные атомы, которые вполне способны столкнуться с ДНК и выбить кусочек, оставив разрыв в одной из нитей. В образовавшийся разрыв притягиваются молекулы воды, которые, в свою очередь, могут разрушить связи между двумя нитями и разделить молекулу надвое, как застежку — молнию.

Лишь сравнительно недавно ученые начали понимать, как организована ДНК E. coli. Эксперименты показали, что ее хромосома свернута в сотни петель и скреплена при помощи особых белковых структур, которые работают наподобие «прищепок». Каждая петля закручена сама на себя, но «прищепки» не дают скрутиться остальной части хромосомы. Когда у E. coli возникает необходимость прочесть какой‑то конкретный ген, к нужному участку направляется группа белковых молекул. Одни белки разделяют нити ДНК, позволяя другим пройти вдоль одной из нитей и синтезировать РНК — копию гена. Третьи при этом удерживают каждую из нитей и не дают им скрутиться и спутаться во время копирования. Как только молекула РНК синтезирована, нити ДНК вновь смыкаются.

При размножении E. coli сталкивается с куда более серьезными проблемами. При делении бактерия должна создать копию своей ДНК — реплицировать ее, после чего получившиеся хромосомы расходятся в разные концы клетки, — и разделиться на две дочерние клетки. E. coli способна проделать все перечисленное с идеальной точностью всего за 20 минут.

Первый шаг в создании новой E. coli — копирование более чем миллиона пар нуклеотидов, составляющих молекулу ДНК, — начинается, когда два десятка различных ферментов сходятся к одной точке хромосомы бактерии. Одни ферменты разделяют на небольшом участке нити ДНК, другие не дают им вновь соединиться, пока репликация этого участка не закончится. Две группы ферментов ^[8] начинают двигаться вдоль каждой нити, строя рядом со старой новую, с комплементарными нуклеотидами. Сзади них нити ДНК вновь смыкаются. Такая группа может достраивать к нити ДНК около 1500 новых нуклеотидов в секунду. Время от времени на пути группы встречаются «прищепки», которые удерживают нить и не дают ей скручиваться. Ученые подозревают, что каждая «прищепка» должна каким‑то образом раскрыться, чтобы пропустить через себя группу реплицирующих ферментов, а затем сомкнуться вновь. Иногда ферменты, участвующие в репликации ДНК, встречаются с другой группой ферментов ^[9], занятой синтезом РНК для производства белков, и вынуждены ждать, пока процесс будет закончен. Лишь после этого они возобновляют свою работу. Несмотря на все препятствия, группы ферментов, синтезирующие ДНК, работают не только быстро, но и необычайно точно. Допустимое для них число ошибок чрезвычайно мало.

Ферменты копируют ДНК, и постепенно на месте одной появляется две хромосомы. Формирующиеся молекулы все время остаются связанными, как звенья одной цепочки. Потом специальный фермент ^[10] разъединяет кольцевые хромосомы, которые сразу же начинают расходиться в разные концы клетки. Ученые сегодня много знают о том, как у E. coli происходит репликация ДНК, но по — прежнему не пришли к единому мнению по поводу того, каким образом двигаются ее хромосомы. В последнее время показано, что это активный процесс, в котором принимают участие несколько групп специальных белков. После расхождения хромосом E. coli может начать процесс деления клетки.

Следует заметить, что бактерия должна разделиться очень точно как в пространстве, так и во времени. Если начать процесс деления прежде, чем разойдутся хромосомы, ДНК тоже окажется разделена. Если деление произойдет слишком близко к какому‑то из концов, то один потомок E. coli окажется обладателем пары хромосом, а второму хромосом вообще не достанется. Подобных катастроф практически не случается. E. coli, как правило, всегда делится почти точно посередине — и почти всегда в тот момент, когда две только что сформированные хромосомы успели разойтись в разные концы.

Чтобы этот точно выверенный танец прошел без сбоев, нужна согласованная работа нескольких типов белков. Ключевой белок деления у большинства бактерий — белок FtsZ. Когда E. coli готова к делению, происходит полимеризация FtsZ, молекулы которого выстраиваются в кольцо вдоль внутренней цитоплазматической мембраны примерно посередине бактериальной клетки. Кольцо из полимеризовавшегося FtsZ — Z — кольцо — заякоривается на мембране при помощи «вспомогательных» белков и начинает постепенно сжиматься, образуя перетяжку; в результате формируются две дочерние клетки.

Выстраивая кольцо посередине клетки, белок FtsZ не пользуется картой бактерии и не измеряет ее линейкой. Полимеризоваться именно в середине бактериальной клетки FtsZ вынуждают белки системы Min — D, С и Е. Они не дают FtsZ полимеризоваться там, где не надо.

Ингибитором полимеризации FtsZ служит белок MinC. Но активируется он, только связавшись с белком MinD. Белок MinD может прикрепляться к мембране на полюсах клетки, где он полимеризуется и связывается с MinC, что приводит к деполимеризации FtsZ вблизи полюсов клетки. Белок MinE тоже полимеризуется вблизи полюсов клетки в виде так называемого Е — кольца и препятствует формированию комплекса MinD/C. Стоит комплексу MinD/C разрушиться, как MinC инактивируется и не может препятствовать полимеризации FtsZ. Таким образом, MinE препятствует формированию комплекса MinD/C в центральной части. Поэтому только в центральной части клетки у FtsZ есть шанс сформировать кольцо.

Но даже там формирование кольца большую часть времени блокируется хромосомой и сопутствующими ей белками. Только после того, как завершится репликация хромосомы и две ее копии разойдутся из середины клетки к краям, там образуется достаточно свободного места, чтобы молекулы FtsZ могли закрепиться и начать деление микроорганизма надвое.

Может быть, клетка E. coli и не обладает такой очевидной структурой, как клетки эукариот, но своя структура у нее имеется. Это география ритмов, карта течений.